O Mosaico da Amazônia Oriental é gerido por um Conselho Consultivo que se reúne duas vezes ao ano. As reuniões têm caráter informativo, consultivo e de diálogo. Busca soluções para questões relacionadas às Áreas Protegidas que compõem o Mosaico em escala regional. A gestão integrada também ocorre através de planejamentos participativos, oficinas e intercâmbios com as diversas comunidades das áreas protegidas que o compõem. Busca ampliar o acesso às experiências de sucesso, compartilhar as lições aprendidas e resultar no enriquecimento do conhecimento sobre boas práticas de gestão, de manejo dos recursos naturais e do exercício da cidadania.

Os temas trabalhados são pertinentes à gestão dos territórios, como a situação fundiária, organização e fortalecimento de cadeias de produtos não madeireiros; consulta prévia, livre e informada aos indígenas, consulta sobre a implementação de empreendimentos e infraestrutura nas áreas protegidas do Mosaico, práticas de educação ambiental, ferramentas de comunicação, entre outros.

O conselho é composto por cinco extrativistas da RDS do Rio Iratapuru, cinco agricultores assentados da Flota-AP, cinco representantes dos povos Wayana, Aparai, Katxuyana, Tiriyó e Wajãpi e seis gestores das UC do Mosaico.

E conta ainda com um representante dos seguintes órgãos e instituições: Prefeitura Municipal de Laranjal do Jari, SEMA-AP, Ibama, ICMBio, IEF-AP, IMAP-AP, Funai, Incra, UNIFAP e Iepé.

O Mosaico tem apoiado desde 2013 jovens lideranças por meio de oficinas e fóruns da juventude, estimulando sua participação em conselhos e outros eventos no Amapá e em outros estados.